以下是《名侦探柯南》动画所有剧情版的介绍，按季度和集数顺序排列。由于篇幅较长，我将分季度展示，每个季度结束后会有一个简短的总结。
第一季度： FILE. 1 FILE. 42
FILE. 1 FILE. 6：江户川柯南的诞生
- FILE. 1 封印之馆：高中生侦探工藤新一在游乐园与毛利兰约会时，遭遇了神秘黑衣组织的袭击，被灌下名为APTX4869的毒药，身体缩小变成了小学生模样。为了隐藏身份，他寄宿在青梅竹马毛利兰家中，并拜托她的父亲毛利小五郎当自己的侦探事务所的负责人。与此同时，黑衣组织成员伏特加试图寻找变小的新一，而贝尔摩德则监视着伏特加。
- FILE. 2 消失的柯南：变小后的新一试图联系外界，但电话总是无人接听。他通过毛利兰的笔记本电脑联系上了少年侦探团，并告诉他们自己还活着。然而，黑衣组织成员琴酒追踪新一到游乐园，新一为了保护毛利兰而再次被琴酒追击。
- FILE. 3 柯南的推理：新一在毛利侦探事务所的阁楼上，通过毛利兰的电脑向少年侦探团讲述了自己的遭遇，并推理出黑衣组织的部分信息。他意识到黑衣组织是一个庞大的犯罪组织，而自己必须找到解药并揭露他们的罪行。
- FILE. 4 毒药之谜：新一通过推理，怀疑黑衣组织的目的是为了让他放弃侦探工作，过上普通人的生活。他决定不能让这个阴谋得逞，并开始寻找解药。与此同时，少年侦探团成员灰原哀（宫野志保）加入了他们，并透露了自己与黑衣组织的关系。
- FILE. 5 暗夜中的袭击：新一为了保护灰原哀，与黑衣组织成员伏特加发生冲突。伏特加使用麻醉枪击中了新一，但新一凭借自己的机智逃脱了追捕。这次事件让少年侦探团意识到黑衣组织的威胁，并决定帮助他们寻找解药。
- FILE. 6 神秘的买家：新一通过毛利兰的电脑得知，黑衣组织正在寻找一种名为“基尔”的毒药，这种毒药可以解救APTX4869。他决定找到基尔，并希望灰原哀能够帮助他。灰原哀回忆起自己曾经尝试制作基尔，但失败了。
FILE. 7 FILE. 12：怪盗基德的初登场
- FILE. 7 奇幻的自动售货机：怪盗基德首次登场，他利用魔术技巧从自动售货机中盗取了名为“月光手环”的宝石。新一通过推理，成功破解了基德的魔术，并阻止了他盗取宝石。这次事件让新一意识到基德是一个高明的魔术师，也是一个危险的罪犯。
- FILE. 8 钻石之戒的委托：新一和毛利兰受邀参加一场晚宴，目的是为了保护一颗名为“蓝色钻石”的宝石。基德再次出现，试图盗取宝石。新一与基德展开了一场智力与技巧的较量，最终成功阻止了基德的计划。
- FILE. 9 工藤新一的推理：新一通过推理，发现基德盗取宝石的目的是为了寻找一个叫做“黑魔术师”的人。他决定调查黑魔术师的身份，并希望能够阻止基德的犯罪行为。
- FILE. 10 赤井秀一的过去：新一在电视上看到了赤井秀一接受采访的画面，并了解到赤井秀一是一名退役的FBI搜查官，曾经参与过针对黑衣组织的行动。他决定联系赤井秀一，希望能够得到他的帮助。
- FILE. 11 神秘的委托人：新一收到一个神秘的委托，要求他调查一个叫做“黑衣组织”的犯罪组织。他决定认真对待这个委托，并开始调查黑衣组织的线索。
- FILE. 12 通往天国的倒计时：新一和少年侦探团受邀参加一场飞行表演，目的是为了保护一架名为“天空一号”的喷气式飞机。基德再次出现，试图盗取飞机上的“天空之吻”钻石。新一与基德展开了一场惊心动魄的追逐战，最终成功阻止了基德的计划。
FILE. 13 FILE. 18：红方登场
- FILE. 13 消失的凶器：新一和毛利兰受邀参加一场茶道表演，目的是为了保护一把名为“妖刀村正”的刀。基德再次出现，试图盗取刀。然而，刀却被毛利小五郎不小心弄丢了。新一通过推理，发现这起事件与黑衣组织有关，并开始调查真相。
- FILE. 14 水中仙子的眼泪：新一和毛利兰受邀参加一场水上芭蕾表演，目的是为了保护一位名叫“水上仙子”的芭蕾舞演员。基德再次出现，试图绑架水上仙子。新一与基德展开了一场惊心动魄的追逐战，最终成功阻止了基德的计划。
- FILE. 15 赤井秀一的牺牲：赤井秀一在调查黑衣组织时，被琴酒击中，身受重伤。他为了保护其他人，选择跳崖自杀，但其实是赤井秀一的双胞胎弟弟诸星大（安室透）假扮的。诸星大为了保护姐姐世良真纯，决定继续使用赤井秀一的身份。
- FILE. 16 黑衣组织的影子：新一通过调查，发现黑衣组织内部存在着不同的派系。他意识到自己必须小心谨慎，才能找到解药并揭露黑衣组织的罪行。
- FILE. 17 神秘的短信：新一收到一条神秘的短信，里面提到了黑衣组织的成员和组织的目的。他决定调查这条短信的来源，并希望能够找到解药。
- FILE. 18 消失的少年侦探团：少年侦探团在调查一起案件时，被黑衣组织成员琴酒和伏特加袭击。新一为了保护少年侦探团，与黑衣组织成员展开了一场激烈的战斗，最终成功逃脱。
FILE. 19 FILE. 24：黑衣组织的秘密
- FILE. 19 基德的魔术挑战：新一与基德约定了一场魔术挑战，目的是为了证明自己的推理能力。基德利用魔术技巧，制造了一系列复杂的场景，让新一陷入了困境。然而，新一凭借自己的机智，成功破解了基德的魔术，并赢得了挑战。
- FILE. 20 神秘的少女：新一在公园里遇到了一个神秘的少女，她自称是黑衣组织的成员，并告诉新一关于黑衣组织的秘密。这个少女后来被揭示为黑衣组织成员贝尔摩德假扮的。
- FILE. 21 消失的柯南：新一再次被黑衣组织成员琴酒和伏特加追击，他为了保护毛利兰而再次被麻醉。这次事件让少年侦探团意识到黑衣组织的威胁，并决定帮助他们寻找解药。
- FILE. 22 柯南的推理：新一通过推理，发现黑衣组织的目的是为了控制世界。他决定不能让这个阴谋得逞，并开始寻找解药。与此同时，少年侦探团成员灰原哀加入了他们，并透露了自己与黑衣组织的关系。
- FILE. 23 黑衣组织的影子：新一通过调查，发现黑衣组织内部存在着不同的派系。他意识到自己必须小心谨慎，才能找到解药并揭露黑衣组织的罪行。
- FILE. 24 神秘的买家：新一通过毛利兰的电脑得知，黑衣组织正在寻找一种名为“基尔”的毒药，这种毒药可以解救APTX4869。他决定找到基尔，并希望灰原哀能够帮助他。灰原哀回忆起自己曾经尝试制作基尔，但失败了。
第一季度总结： 这一季度主要讲述了工藤新一变小后的经历，以及他与黑衣组织的初次交锋。怪盗基德的登场为剧情增添了趣味性和紧张感。赤井秀一的牺牲和世良真纯的登场，为剧情发展埋下了伏笔。黑衣组织的秘密逐渐浮出水面，新一和少年侦探团决定帮助他们寻找解药，并揭露黑衣组织的罪行。
由于篇幅限制，我将在下一条回复中继续介绍第二季度：FILE. 25 FILE. 70。请继续关注！
