火影次世代（Naruto: Shippuden）主要分为以下几个大的篇章，这里是各篇章的剧情介绍：
第一篇章：疾风传（疾风の影） Part 1：佩恩来袭 (Episodes 1-167)
- 背景： 第四次忍界大战结束不久，世界迎来了短暂的和平。鸣人、佐助、小樱等人作为新一代的火影候选人，开始了各自的道路和成长。
- 剧情梗概：
- 鸣人与卡卡西的修行与成长： 鸣人努力练习六道仙人传授的五影分身之术，卡卡西则指导鸣人领悟并运用“写轮眼”的万花筒能力（月读和天照）。两人关系日益紧密，亦师亦友。
- 佐助的复仇之路： 佐助为了寻找传说中的“力量”（后来得知是九尾查克拉），独自踏上了复仇之旅，先后与旗木卡卡西、春野樱、艾比、大和、君麻吕等对手交手，不断变强，但也因此与木叶村彻底决裂。他在旅途中逐渐了解到过去的真相。
- 晓组织与佩恩： 晓组织作为反叛忍界的势力，依然活跃。佩恩（实为六道仙人分身）出现，利用十尾查克拉操控六道分身，以收集尾兽查克拉为名，肆虐世界，给木叶和五大国带来巨大灾难。佩恩的各个道具有独特的强大能力（如神罗天征、地爆天星）。
- 拯救佐助： 木叶村得知佩恩的目标之一是佐助，决心派卡卡西、鸣人、小樱等人组成“拯救小队”前往阻止。途中他们遭遇了佩恩的各个道具，经历了艰苦的战斗和牺牲（如香菱、红眼等）。最终，卡卡西与佩恩本体（宇智波斑）展开激战，鸣人则在战斗中首次成功使用了六道分身，并领悟了仙人模式，但未能成功阻止佩恩带走佐助和小樱。
- 结局： 佩恩带着被控制的佐助和小樱前往云隐村，故事在此处结束（TV版剧情）。
第二篇章：疾风传（疾风の影） Part 2：忍界大战 (Episodes 168-275)
- 背景： 佩恩占据云隐村，世界再次陷入战火。各国集结军队，准备与佩恩及其背后的大筒木一式作战。
- 剧情梗概：
- 五影会谈与战争爆发： 各国五影（火影、土影、水影、雷影、影影）齐聚云隐村，商讨对抗佩恩的策略，但最终因理念不合而爆发内战。战争席卷整个忍界。
- 鸣人、卡卡西的参战： 鸣人、卡卡西带领木叶隐村的军队参与战争，与各国忍者并肩作战，保护平民，并寻找击败佩恩的方法。鸣人在战斗中不断成长，学会了“九喇嘛模式”（九尾查克拉模式），实力大增。
- 大筒木一式登场： 在战争后期，佩恩的幕后黑手——来自异世界的强大忍者大筒木一式出现，实力远超佩恩，几乎秒杀所有五影。他强行吸收了佩恩的十尾查克拉，成为新的敌人。
- 卡卡西的真相与力量： 在与一式的战斗中，卡卡西的过去再次被揭开。他体内封印着强大的“宇智波斑”，两人意识在卡卡西体内争斗。最终，斑的力量占据了上风，但为了保护鸣人，卡卡西自愿被斑抽离右眼，获得了斑的写轮眼能力（轮回眼），并因此失去右臂。
- 鸣人与一式的最终决战： 鸣人为了拯救被一式控制的佩恩（以及自己体内的九尾），决定与其战斗。他通过六道仙人转生的方法，与一式进行了跨越时空的激战。在战斗中，鸣人获得了六道仙人（包括大筒木羽衣）的部分力量，成为“七代火影”。
- 结局： 鸣人最终击败了一式，解救了佩恩（但失去了部分视力）。各国停战，选举鸣人为第七代火影。卡卡西则成为了鸣人的指导老师。故事在此处结束（TV版剧情）。
第三篇章：博人传 火影忍者新时代 (Boruto: Naruto Next Generations Episodes 276 onwards)
- 背景： 忍界大战结束，进入了一个相对和平的时期。鸣人成为了火影，但新一代的忍者们（漩涡博人、向日葵向日葵、日向向日葵、柱间向日葵、漩涡向日炎、漩涡向日足等）却逐渐显露出各自的问题和挑战。
- 剧情梗概：
- 博人的叛逆与成长： 作为续作的开端，博人（漩涡博人）因为无法像父亲鸣人那样得到认可，加上鸣人成为火影后指导方式与父亲卡卡西不同，导致他与父亲关系紧张，开始叛逆，追求更强的力量，甚至离家出走。他在旅途中遇到了志村新之助、白眼少女向日葵等人，并结识了神秘的“桃式”。
- 日向向日葵的挑战： 日向向日葵（日向雏田的女儿）因为从小被母亲和家族寄予厚望，加上卡卡西对鸣人的偏爱，内心积压着巨大的压力和嫉妒，变得叛逆、孤僻，甚至对博人产生敌意。她与博人、新之助等人同行，在经历各种事件后逐渐认识到自己的问题，并开始寻求改变。
- 续作主线展开： 故事开始围绕博人、向日葵、新之助等人展开冒险，他们遇到了各种新的对手和挑战，如桃式、琪露诺、酒吞童子、无惨（鬼灯满月）、大筒木一式（残余势力）、贝吉塔（龙珠x火影联动）等。主线剧情逐渐揭示了一些新的阴谋和威胁，如来自未来的“黑衣人”和神秘的“大筒木”势力。
- 其他角色的故事线： 原作中的其他角色如佐助、小樱、卡卡西、鸣人等，在续作中也继续有着重要的戏份。佐助作为“影分身之术”的继承者，拥有强大的力量，但行踪不定，偶尔会以各种形式出现影响剧情。鸣人作为火影，努力维持忍界的和平，但也面临着来自各方的压力和挑战。卡卡西作为鸣人的指导老师，继续指导着博人等人成长。
- 新的威胁与世界观拓展： 续作不仅展现了新一代忍者的成长，也引入了更多来自其他世界（如龙珠世界）的角色和元素，并逐步揭示了关于大筒木、未来、以及更深层世界观的一些线索。故事仍在不断进展中。
火影次世代的故事不仅讲述了鸣人、佐助等主角的成长与冒险，也描绘了新一代忍者们在和平年代所面临的挑战、迷茫与蜕变，以及整个忍界在新旧势力交替下的未来走向。
