以下是《异形3》（Alien 3）的剧情介绍：
故事发生在《异形2》之后。在返回地球的“诺斯托罗莫号”飞船上，为了销毁可能存在的异形卵，船员们将所有剩余的异形（包括女王）与船员一同封存在一个核反应堆中，希望通过核爆将其彻底消灭。
然而，异形的生命力远超想象。核爆并未彻底杀死女王，反而对其造成了某种“催化”作用，使其变得异常强大和狂暴。女王从爆炸的废墟中孵化出数个极其快速、凶残的幼体（称为“幼体”或“Facehugger 2.0”，虽然电影中未明确命名，但这是普遍的称呼）。
这些幼体设法通过通风系统逃脱，并在“诺斯托罗莫号”上迅速感染了幸存的船员。飞船变成了一片人间地狱，船员们一个个被寄生、转化，成为新的异形。
与此同时，前传电影《异形：复活》（Alien: Resurrection）的主角里夫·贾维斯（Ripley）博士，因为体内意外孕育出异形幼体而被迫逃亡。在得知“诺斯托罗莫号”失联后，她通过追踪信号找到了这艘失控的飞船。
里夫登上了“诺斯托罗莫号”，面对的是被异形全面占领、即将失控坠毁的惨烈景象。她必须在这艘死亡之船上一边躲避和对抗疯狂繁殖的异形，一边寻找方法阻止灾难发生。
在探索过程中，里夫发现异形的繁殖速度惊人，而且似乎产生了一种能够腐蚀金属的黑色粘液。她还了解到，异形的母巢就在飞船的货舱深处。
最终，里夫成功到达母巢，与异形女王展开了一场殊死搏斗。战斗异常惨烈，里夫利用各种武器和手段，最终将女王逼入了货舱的熔炉之中。然而，女王在死亡前用粘液腐蚀了熔炉的闸门，导致熔炉爆炸，将里夫也一同吞噬。
电影失控的“诺斯托罗莫号”带着异形的威胁，冲向地球大气层，爆炸升空。里夫的命运成为了谜（虽然后续作品中有不同设定）。
《异形3》是一个关于绝望、生存和复仇的故事，里夫·贾维斯作为最后的希望，在几乎不可能的情况下与强大的异形军团战斗，最终虽然消灭了女王，但也付出了生命的代价，留下了悲壮和悬念。
