合金装备（Metal Gear Solid）系列以其复杂、庞大且充满层次的故事剧情而闻名，被誉为电子游戏史上剧情的巅峰之一。以下是整个系列故事剧情的概述，按主要作品的时间线展开：
核心背景与主要角色：
- Solid Snake (蛇)： 主角，代号“潜行者”。是“外勤部”（ FOXHOUND 的一个分支）的顶尖特工，冷静、擅长潜入和战斗。故事的核心往往围绕他展开。
- Liquid Snake (利克·蛇)： Solid Snake 的双胞胎哥哥，也是外勤部的成员。性格冷酷、傲慢，对“大蛇计划”（Big Shell Program）有着复杂的情感，是主要的反派或对立面角色。
- Solidus Snake (索路斯·蛇)： Solid Snake 的弟弟，美国总统。野心勃勃，渴望战争，与哥哥们关系紧张。
- Psycho Mantis (盗贼)： 精神控制能力者，常以游戏玩家身份出现，能读取他人精神、控制电子设备。
- The Boss (老板)： 外勤部的创始人，传奇的战场女兵，Solid Snake、Liquid Snake 和 Solidus Snake 的母亲。她的过去和牺牲是整个系列故事的基石。
- Major Zero (零少校)： 外勤部的最高指挥官，身份神秘，是 The Boss 的忠实追随者。
- Outer Heaven (外天集团)： 系列早期的主要反派组织，由 The Boss 的养子 Revolver Ocelot 建立，旨在通过核武器引发全球战争。
- Desert Fox (沙漠狐狸)： 外天集团的后继组织，由 Big Boss（Solid Snake 的父亲）创立，后来堕落为恐怖组织。
- Philanthropy (慈善机构)： 系列中后期的主要反派组织，由 Liquid Snake 建立，目标是利用生物武器 M.O.C. (Manoid Oxygen Concentrator) 改变人类基因。
- The Patriots (老大哥)： 真正的幕后黑手，由 The Boss、老中校、老肯尼、老Doktor 四位元老组成（其中肯尼和老Doktor已故），通过控制世界主要国家、操控战争和舆论来维持全球秩序，但其统治方式备受争议。
故事时间线概述：
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《合金装备》（Metal Gear Solid, 1998）：
- 时间：2005年。
- 核心事件：Outer Heaven 组织在非洲某地（或南美）策划了“Shadow Moses”行动，计划发射装载核弹的无人攻击机“Metal Gear Ray”攻击美国本土，同时营救被软禁的 Big Boss（Solid Snake 的父亲）。
- 主角 Solid Snake 接受任务，潜入 Shadow Moses 岛屿，摧毁 Metal Gear Ray 并阻止核攻击。
- 在任务中，Snake 发现了关于他身世、Big Boss、The Boss 以及一个名为 "The Patriots" 的神秘组织的秘密。
- 最终 Boss 是 Philanthropy 组织的精神控制者 Revolver Ocelot（实为 Liquid Snake 控制的傀儡）。
- 结局：Shadow Moses 行动失败，Big Boss 被救出，但受重伤。The Boss 为保护 Snake 牺牲了自己。
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《合金装备2：灵魂深处》（Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, 2001）：
- 时间：2007年。
- 主角： Raiden (雷顿)，一名隶属于美国海军陆战队特种部队“Phantom Pain”（幽灵痛）的士兵。
- 核心事件：Phantom Pain 在东南亚某地（或中东）策划了“Shadow Moses 2”行动，目标是夺取“S3M”系统（一种能控制全球网络的武器系统）。
- Raiden 在任务中逐渐发现自己并非人类（拥有义手、义眼、义足等机械化身体），并卷入了与 Desperado Enforcement (DE) 组织及其领袖 Ocelot（实为 Liquid Snake）的冲突。
- Raiden 探索了关于他真实身份（Solidus Snake 试图制造的孩子）、The Patriots、以及“人机兵器”（Humanoid兵器）计划的秘密。
- 最终 Boss 是 Ocelot（控制着 The Boss 的遗体）。
- 结局：Raiden 的真实身份被揭露，Phantom Pain 解散。Ocelot 夺取了 S3M。The Patriots 的真实面目进一步显露。
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《合金装备3：食蛇者》（Metal Gear Solid 3: Snake Eater, 2004）：
- 时间：1964年。
- 主角： Naked Snake (赤裸蛇)，Solid Snake、Liquid Snake 和 Solidus Snake 的原型，也是 Big Boss 的早期代号。
- 核心事件：讲述 Solid Snake 出生前的故事。Naked Snake 在苏联远东地区执行任务，目标是暗杀 The Boss 的养子、苏联间谍 Ivan Raidenovich Reznikov。
- 任务过程中，Naked Snake 与 The Boss 感情升温，但最终因意识形态和使命的冲突而决裂。
- 他在任务中经历了极端的生存考验，并发展出后来合金装备系列中标志性的“生存三部曲”（潜入、逃脱、战斗）。
- 最终 Boss 是 The Boss。
- 结局：Naked Snake 逃脱，但身受重伤，并因背叛 The Boss 而自我放逐。The Boss 母子关系彻底破裂。
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《合金装备4：幽灵行动》（Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots, 2008）：
- 时间：2014年。
- 主角： Solid Snake (此时已年老体衰)。
- 核心事件：Solid Snake 病情恶化，他最后的任务是由他的战友们（包括 Raiden、Meryl、Otacon 等）协助执行，目标是摧毁由 The Patriots 控制的全球军事和情报网络，并找到治愈他病情的方法。
- Snake 不仅要对抗 The Patriots 的追捕，还要面对 Liquid Ocelot（Ocelot 的儿子，拥有 Liquid Snake 的基因，并控制着 Big Boss 的遗体）的复仇。
- 故事回顾了 Solid Snake 从出道到至今的整个经历，以及合金装备系列中所有主要角色的命运。
- 最终 Boss 是 Liquid Ocelot。
- 结局：Solid Snake 成功摧毁了老大哥的统治，但自己也牺牲了。世界进入新的混乱时代。Big Boss 的遗体被火化。
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《合金装备：和平行者》（Metal Gear Rising: Revengeance, 2013）：
- 时间：2014年（紧随 MGS4 之后）。
- 主角： Raiden。
- 核心事件：Solid Snake 死后，Raiden 因无法接受而变得偏执和疯狂，他离开了美国，成为了一名私人雇佣兵，追杀那些参与过外勤部或与 Solid Snake 有过渊源的人，以“复仇”。
- 故事围绕 Raiden 的复仇之旅展开，揭露了更多关于 MGS4 事件的后续影响和不同势力的冲突。
- 可以看作是对 MGS4 结局的补充和延伸，更侧重于 Raiden 的个人挣扎和成长。
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《合金装备V：The Phantom Pain》（Metal Gear Solid V: The Phantom Pain, 2015）：
- 时间：2014年-2015年。
- 主角：Venom Snake (毒蛇)，一名神秘的叛变士兵，实为 Big Boss 的克隆体（Big Boss 的遗体被植入了 Solid Snake 的细胞）。
- 核心事件：Venom Snake 在非洲建立了一个名为 Diamond Dogs 的部队，试图推翻 The Patriots 的统治，重建一个没有老大哥的世界。
- 故事分为两个章节：Ground Zeroes（潜入章节，讲述 Venom Snake 如何逃离美国）和 The Phantom Pain（战争章节，讲述他如何建立势力）。
- 故事中穿插了 Big Boss 的回忆，解释了他为何会堕落，以及他与 The Boss、外勤部、The Patriots 的复杂关系。
- 最终 Boss 是 The Boss (复活并参与战斗) 和 Philanthropy 的 Ocelot。
- 结局：Big Boss 的灵魂回归，但身体仍由 Venom Snake 控制着。世界依然混乱，老大哥的统治被推翻，但新的秩序尚未建立。
总结：
合金装备系列的故事是一个关于背叛、复仇、战争、政治、人性以及科技伦理的宏大叙事。它通过多个时间线和众多角色的交织，探讨了权力、自由、战争的意义以及个体在巨大系统中的挣扎。玩家在游玩过程中，会不断揭开关于主角身世、各大组织的秘密以及整个世界秩序真相的层层谜团，体验一段跌宕起伏、引人深思的冒险旅程。
