《合金装备5：幻痛》（Metal Gear Solid V: The Phantom Pain）的剧情非常庞大复杂，围绕着“火柴人”（The Boss）和她的养子“大蛇”（Big Boss）展开。以下是其核心剧情介绍：
第一部分：逃离与重建 (Ground Zeroes & The Phantom Pain)
- 序幕 (Ground Zeroes): 故事始于1984年，美军特种部队“火蜥蜴部队”（Frog Unit）在古巴执行任务，试图解救被叛变的苏联特种部队“史密斯行动队”（Soviet Spetsnaz "Soviet Operations Group" / S.O.G.）俘虏的“火柴人”（The Boss）。行动失败，火柴人被秘密送往美国本土的“外星动物园”（Outer Heaven）基地。与此同时，火柴人的养子，年仅10岁的大蛇 (Big Boss)，在老乔纳森（Major Zero，大蛇的养父）的带领下，成功从S.O.G.手中逃脱，并在非洲丛林中开始了他的逃亡生涯。这段经历塑造了他坚忍不拔的意志。
- 序幕 (The Phantom Pain): 时间跳转到2014年。大蛇（此时已年近40，化名“外传”（Strangelove））在非洲建立了自己的私人军事公司“脱出 (Desert Eagle)”。他因在一场名为“大蛇之痛”（Big Boss's Pain）的实战演练中遭遇了神秘的、非人生物的袭击而全身瘫痪。为了恢复行动能力并查明真相，他寻求了美国政府的秘密支持，并与神秘的军火商“老妇人”（The Old Woman，实为艾莉丝·米勒 Alice Miller，大蛇的妹妹）合作，启动了代号“火蜥蜴之怒”（Frog Unit's Fury）的秘密计划。
- 主线 (The Phantom Pain): 大蛇（外传）在政府的资助下，组建了新的部队“火蜥蜴部队”（Frog Unit），并开始在全球范围内追捕导致他瘫痪的神秘生物——“史密斯”（Solid Snake，实际上是基因改造失败的产物，也是大蛇的克隆兄弟）。这场全球追捕行动成为了游戏的主线。在此过程中，大蛇不仅要对抗史密斯及其背后的势力，还要处理不断崛起的竞争对手（如“蜂鸟”领导的“蜂巢”组织），以及来自其过去（尤其是“火柴人”和“老妇人”）的阴影。
第二部分：回归与颠覆 (The Phantom Pain 中后段)
- “火柴人”的遗产: 随着剧情发展，大蛇逐渐发现了“火柴人”的真实身份和她的理想——建立一个不受任何国家控制、独立自主的军事力量。他得知“火柴人”临终前留下的遗嘱，将她的财产（包括“火蜥蜴部队”）交给了他。这进一步坚定了他建立自己势力的决心。
- 艾莉丝的真相: 艾莉丝的真实身份逐渐揭露。她并非普通人类，而是“火柴人”通过基因技术创造出来的后代，也是大蛇的亲妹妹。她被植入记忆，从小被培养成刺客，目标是杀死大蛇。她与史密斯之间也有着复杂的联系（史密斯也是“火柴人”的基因改造实验产物之一）。
- “蜂巢”的出现: “蜂鸟”（Hawkeye）领导着“蜂巢”组织，试图在大蛇和史密斯之间渔利，并建立自己的霸权。大蛇与“蜂巢”展开了激烈的对抗。
- 最终目标：Outer Heaven 的真相: 大蛇最终发现，最初的“Outer Heaven”基地并非在他少年时被S.O.G.摧毁，而是由“火柴人”和她的导师“老乔纳森”（Major Zero）在美国本土建立，目的是为苏联培养一支不受美国控制的特种部队。大蛇被苏联特种部队俘虏并瘫痪的真相，以及老乔纳森多年来一直在暗中支持他、试图完成火柴人遗志的真相，都逐渐浮出水面。
- 决战: 剧情的高潮是多重冲突的爆发：
- 大蛇与史密斯及其背后的“蜂巢”势力（包括被策反的旧识如纳米克）在全球范围内展开最终决战。
- 大蛇与“蜂巢”及其盟友（如“眼镜蛇”组织的残余力量）在非洲展开大规模战争。
- 大蛇与老乔纳森及其领导的“火蜥蜴部队”在美国本土展开最终对决。
- 大蛇与艾莉丝之间围绕兄妹关系和未来的理念展开冲突。
结局 (Epilogue Ground Zeroes):
- 多种结局: 游戏提供了多个结局，取决于玩家在游戏过程中的选择，特别是对艾莉丝的处置。
- “火蜥蜴部队”的终结: 在与老乔纳森的最终战斗中，大蛇被老乔纳森杀死（或濒死）。随后，艾莉丝（根据玩家的选择，可能说服了濒死的纳米克，或直接杀死纳米克）引爆了“火蜥蜴部队”母舰，导致整个组织覆灭。
- 大蛇的复活: 艾莉丝按照火柴人的设计，将大蛇的基因样本送往了神秘的“火之国”（Land of the Fire），寻求复活他。
- “火之国”的真相: “火之国”并非真实存在的国家，而是一个基因实验室，由火柴人当年的导师“老乔纳森”（Major Zero）建立。他一直在秘密研究复活大蛇的方法，并试图利用大蛇来实现自己的野心。
- 最终结局: 老乔纳森成功将大蛇的基因样本与艾莉丝的基因结合，创造了一个新的个体。这个新个体是“普利德·大蛇”（Pryde of Big Boss），保留了部分大蛇的记忆和体格，但心智更接近于一个新生儿。老乔纳森将这个新“大蛇”托付给艾莉丝，让她带着他离开，去开创一个全新的未来（可能是“火柴人”所期望的独立军事力量，也可能被老乔纳森利用）。老乔纳森则带着他的研究成果和野心，消失在茫茫大海中。
总结:
《合金装备5：幻痛》的剧情是一个关于背叛、理想、复仇、身份认同和权力斗争的宏大故事。它讲述了大蛇从一个逃亡的少年成长为全球军事巨头，最终却众叛亲离、被自己信任的人杀死，但其基因得以延续，最终以另一种形式获得“重生”的历程。游戏探讨了个人意志与国家机器、理想主义与现实主义之间的冲突，是《合金装备》系列中剧情最为复杂和深刻的一部作品。
