柯南主线剧情可以概括为少年侦探柯南的核心故事线，主要围绕着高中生侦探工藤新一（被黑衣组织称为“青子”）的身份被掩盖，化名为江户川柯南，一边解决各种案件，一边寻找黑衣组织成员，揭露其阴谋的故事。
以下是主线剧情的几个主要阶段和关键事件：
第一阶段：身份暴露与逃亡（TV 1 100 早期）
- 身份暴露 (M1《瞳孔中的暗杀者》): 工藤新一在追踪黑衣组织时，被组织成员伏击，服下了代号为“APTX4869”的毒药，身体缩小变成了初中生的模样。为了保护毛利兰，他隐瞒了自己的真实身份。
- 寻找解药: 新一试图联系黑衣组织成员宫野志保（琴酒的女儿，后成为伙伴），希望她能提供解药，但过程充满危险。
- 遇见少年侦探团: 小新一遇到了小兰、圆谷光彦、小岛元太，组成了“少年侦探团”，在解药找到之前，他以柯南的身份和他们一起解决各种案件，同时暗中调查黑衣组织。
- 初遇琴酒与伏特加: 与组织高层成员琴酒、伏特加多次交锋，数次陷入生命危险。
第二阶段：琴酒追杀与初步合作（TV 100 早期 200 早期）
- 琴酒的执着: 琴酒一直追杀变小的新一，视他为眼中钉。新一/柯南需要不断变换身份、地点来躲避追杀。
- 与FBI的联系: 新一/柯南通过宫野志保与日本公安警察FBI的特殊搜查官安室透（降谷零）取得联系，FBI开始暗中协助新一调查组织。
- 基德的介入: 神出鬼没的魔术师怪盗基德（黑羽快斗）多次出现，与柯南产生亦敌亦友的关系，共同解决了一些复杂案件，有时也会互相抢夺“胜利”。
- 组织内部信息: 通过宫野志保和FBI的情报，逐渐了解到组织的部分成员信息，如贝尔摩德、基尔（伏特加的假身份）等。
第三阶段：目标锁定与行动升级（TV 200 早期 400 早期）
- 目标伏特加: 新一/柯南通过一系列推理和行动，逐渐锁定并试图接近黑衣组织成员伏特加，希望从她那里获取更多关于组织和解药的信息。期间经历了多次惊险的接触和试探。
- 组织暗杀行动: 组织策划了多起针对政府高官、企业领导人的暗杀事件，新一/柯南多次在关键时刻出现，识破阴谋，拯救了目标人物。
- 日本公安警察的活跃: 安室透和FBI搜查官（如赤井秀一、世良真纯、安室透的妹妹阿笠博士等）在调查组织中扮演越来越重要的角色，与新一/柯南形成合作关系。
- 解药研究: 宫野志保成功研发出APTX4869的解药，新一多次机会服下解药恢复身体，但每次都因各种原因变回柯南。
第四阶段：黑衣组织的阴影与全球行动（TV 400 早期 600 早期）
- 黑衣组织的全球布局: 故事扩展到世界各地，新一/柯南与FBI等国际势力合作，追踪组织的跨国活动，如在美国的CIA、意大利的黑手党等。
- 红方登场: 与与黑衣组织敌对的另一情报组织“红方”（CIA、FBI、日本公安）展开合作与对抗。
- 关键人物登场/回归: 红方的重要人物，如安室透（降谷零）、赤井秀一、世良真纯、安室透的妹妹阿笠博士（实际是CIA成员）等，与柯南的关系复杂化。
- 组织内部清洗与分裂: 组织内部出现权力斗争和清洗，如琴酒杀害了朗姆，伏特加与贝尔摩德的关系变化等。
- 基尔身份揭晓: 伏特加的假身份“基尔”被揭晓，他长期潜伏在组织内部。
- 哀家姐姐的身份: 灰原哀（宫野志保）的真实身份逐渐被揭示，她是APTX4869的研发者，因姐姐宫野艾莲娜被组织杀害而复仇。
第五阶段：组织核心的暴露与新一的危机（TV 600 早期 目前）
- 组织高层成员暴露: 通过各种线索和事件，组织的部分高层成员身份逐渐浮出水面，如“琴酒”（已死）、“伏特加”（已死）、“贝尔摩德”（真实身份是黑衣组织成员伏特加的母亲）、“基尔”（伏特加）。
- 组织新目标: 组织开始策划更大的阴谋，涉及政治、经济等多个领域，目标直指日本乃至世界的权力结构。
- 新一/柯南的困境: 新一/柯南在调查过程中，身份暴露的风险越来越高，毛利兰也受到组织的威胁。新一的安危成为最大的悬念。
- 红方内部的冲突: 红方内部也并非铁板一块，出现了分裂和背叛，如赤井秀一一家被灭门事件。
- 最新进展（截至2024年初）: 故事进入了新一被组织绑架，生死未卜的阶段，FBI和红方正在全力搜救，同时试图在解救新一的同时，找出并逮捕剩余的组织成员。
总结:
柯南主线剧情是一个持续进行的、复杂的侦探、动作、悬疑故事。它不仅仅关于解决案件，更是一个关于身份、背叛、复仇、追捕与合作的漫长旅程。核心驱动力是工藤新一/江户川柯南想要恢复身体、揭露黑衣组织真相的执念，以及他与FBI、少年侦探团、宫野志保等伙伴们共同对抗黑暗势力的努力。主线剧情环环相扣，人物众多，情节跌宕起伏，至今仍在不断发展和推进中。
