神盾局第三季（Agents of S.H.I.E.L.D. Season 3）的剧情可以概括为：
主要剧情线：
- "黑暗教团" (The Darkhold) 的威胁： 季中最大的事件是神盾局发现了阿斯加德的《黑暗教团》。这是一本记载着强大的魔法知识和邪恶仪式的黑暗魔法典籍。当神盾局试图销毁它时，它失控并选中了梅雷迪斯·"梅"·史密斯（Meredith "Mae" Smith）作为它的新宿主。梅开始不受控制地施展黑暗魔法，造成破坏和伤亡，并试图寻找一种方法来永久性地使用这本书的力量。
- 对抗梅·史密斯： 理查德·梅森博士（Dr. Richard Mason）和他的魔法专家团队（包括玛姬·阿尔德里奇）必须找到控制或摧毁《黑暗教团》的方法。与此同时，山姆·威尔逊（Sam Wilson）、杰西卡·西蒙斯（Jessica Simonms）、利奥·菲茨（Leo Fitz）、凯特·毕肖普（Kate Bishop）和特雷西·史密斯（Tracy Smith）等人则负责保护梅，并试图在不让她造成更多伤害的情况下夺回控制权。梅在黑暗魔法的力量下变得越来越危险和难以预测。
- 梅雷迪斯·史密斯的个人挣扎： 梅本人也承受着巨大的痛苦和挣扎，她无法控制自己的行为，担心自己会伤害到朋友和家人，特别是她新生的女儿。她的故事线充满了悲剧性，探讨了宿命、选择和失控的代价。
- 阿斯加德王子的回归与冲突： 萨卡里（Sakaar）王子托尔·奥古斯汀（Tchaka）回归，他寻求山姆的帮助来夺回他父亲——阿斯加德国王奥丁（Odin）留下的王位。这导致了阿斯加德与萨卡里之间的冲突，并波及地球。托尔和山姆的关系也变得复杂。
- 内部权力斗争： 理查德·梅森利用《黑暗教团》的力量，试图建立自己的权威，甚至试图将神盾局置于他的魔法控制之下，引发了与山姆等人的冲突。最终，山姆和他的团队成功地阻止了梅森的计划，并揭露了他的背叛。
- "内战" 的前奏： 季末，美国政府的压力越来越大，要求将神盾局置于其直接控制之下。为了保护梅和《黑暗教团》的秘密，以及保护山姆和杰西卡，神盾局决定进行“撤离”（Disbandment），解散机构，将核心成员化整为零，隐藏身份。这为后续的剧集《神盾局：内战》（Agents of S.H.I.E.L.D.: Civil War）埋下了重要的伏笔。
总结来说，神盾局第三季的核心是围绕《黑暗教团》这一黑暗魔法威胁展开的，它不仅考验了团队对抗超自然威胁的能力，也深刻地影响了核心成员，特别是梅·史密斯和理查德·梅森，并最终将神盾局推向了与政府之间关于未来走向的严峻抉择。
