这里为您整理柯南剧场版的主线剧情发展，按时间顺序概述了每一部剧场版的核心故事线，并提炼了主要线索：
早期（1996-2002）：奠定基础，关注变小之谜与黑衣组织
- 《瞳孔中的暗杀者》（1996）
- 主线： 柯南（新一）在演唱会上被琴酒盯上，面临生命危险。灰原哀（宫野志保）首次登场，用药物救了新一，并透露了自己变小的事实。黑衣组织的轮廓开始显现。
- 《通往天国的倒计时》（1997）
- 主线： 柯南（新一）为了寻找黑衣组织，与少年侦探团一起卷入了一场与恐怖分子相关的危机。涉及到炸弹、阴谋和组织的内部争斗。
- 《瞳孔中的暗杀者2》（1998）
- 主线： 柯南（新一）试图揭露黑衣组织的秘密，与琴酒展开激烈对决。灰原哀的身份进一步被揭示。新一与毛利兰的恋情也面临考验。
- 《柯南vs怪盗基德》（1998）
- 主线： 著名怪盗基德突然出现，与柯南（新一）展开了一场华丽的魔术对决。虽然看似是怪盗故事，但也牵扯出黑衣组织的阴谋。
- 《卡布里岛的秘密》（1999）
- 主线： 柯南一行人前往卡布里岛度假，却意外卷入了一场与沉船宝藏和杀人事件相关的阴谋。黑衣组织再次暗中活动。
- 《通天岩的奇迹》（2000）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团被困在通天岩，同时必须解开杀人事件之谜。期间再次遭遇黑衣组织的袭击。
- 《贝克街的亡灵》（2001）
- 主线： 警视厅成立100周年庆典上，一个幽灵新一出现，引发了连环杀人事件。柯南（新一）必须找出真凶，同时应对黑衣组织的伏击。
- 《瞳孔中的暗杀者3》（2002）
- 主线： 柯南（新一）试图通过推理找出黑衣组织成员，与组织展开更激烈的对抗。新一与兰的感情升温，但也面临组织的威胁。
中期（2003-2012）：黑衣组织核心成员登场，阴谋升级
- 《消失的柯南》（2003）
- 主线： 柯南（新一）突然消失，世界陷入恐慌。少年侦探团四处寻找，而黑衣组织似乎也失去了目标。组织内部开始出现新的变化。
- 《通向天国的倒计时》（2004）
- 主线： 恐怖分子利用高科技制造了能引发全球停电的炸弹，威胁世界。柯南（新一）必须在倒计时结束前阻止灾难，同时与黑衣组织周旋。
- 《侦探们的镇魂歌》（2004）
- 主线： 一系列与FBI相关的侦探被杀害，警视厅陷入混乱。柯南（新一）与少年侦探团卷入调查，最终发现黑衣组织的阴谋。
- 《绀青之拳》（2005）
- 主线： 一位来自中国的拳王突然失踪，引发了一系列事件。柯南（新一）在调查过程中，意外卷入了黑衣组织针对某位重要人物的阴谋。
- 《名侦探柯南：诅咒的指环》（2005）
- 主线： 一场高级珠宝展会上发生连续杀人事件，凶手如同被诅咒般行动。柯南（新一）在追查真凶的过程中，再次遭遇黑衣组织的伏击。
- 《江户川柯南的推理》（2006）
- 主线： 柯南（新一）与灰原哀以江户川柯南的身份在报纸上连载推理小说，期间卷入了一起复杂的杀人事件。黑衣组织的威胁依然存在。
- 《战栗的乐谱》（2007）
- 主线： 著名钢琴家在演奏会上神秘死亡，柯南（新一）在调查中发现这与黑衣组织的音乐组织有关，并试图阻止一场更大的阴谋。
- 《侦探们的镇魂歌2》（2007）
- 主线： 神秘人物基尔出现，声称要杀光所有侦探。柯南（新一）与少年侦探团再次卷入危机四伏的侦探杀人事件，黑衣组织也暗中操纵。
- 《绀青之拳2》（2008）
- 主线： 前作《绀青之拳》的续篇。柯南（新一）继续卷入与黑衣组织相关的国际阴谋和事件中。
- 《漆黑的追踪者》（2008）
- 主线： 神秘的高中生怪盗基德出现，其目的似乎与黑衣组织有关。柯南（新一）与基德之间展开新的对决，同时追踪组织的线索。
- 《天空中的奇术师》（2009）
- 主线： 基德展开了一场名为“天空魔术”的华丽表演，但背后隐藏着巨大的危机。柯南（新一）与基德联手，对抗来自空中的威胁。
- 《深渊中的魔术师》（2010）
- 主线： 基德再次出现，与黑衣组织成员伏特加展开了一场关于魔术的较量。柯南（新一）在暗中调查，试图揭露组织的真相。
- 《沉默的15分钟》（2011）
- 主线： 城市突然陷入诡异的寂静，所有电子设备无法使用。柯南（新一）必须在15分钟内找出原因并阻止灾难，同时黑衣组织的神秘人物也登场。
- 《天与地的反转》（2012）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团在滑雪场度假，却遭遇了一系列离奇的案件。黑衣组织成员伏特加再次出现，并似乎在策划更大的阴谋。
近期（2013至今）：组织内部大洗牌，红方登场，主线更加复杂
- 《绝海的侦探》（2013）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团乘坐游轮出海，却遭遇了神秘海怪袭击。事件背后似乎与黑衣组织以及美国政府的秘密实验有关。
- 《致郁的迷宫》（2013）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团被困在一个巨大的迷宫设施中，必须解开谜题才能逃脱。期间发生了连环杀人事件。黑衣组织成员贝尔摩德再次登场。
- 《黑铁的鱼影》（2014）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团在游轮上遭遇了与黑衣组织相关的危机。一场关于沉没船只宝藏的争夺和复仇行动展开。
- 《纯黑的恶梦》（2014）
- 主线： 柯南（新一）遭遇了神秘的“黑衣人”，对方拥有高超的易容和推理能力，似乎与黑衣组织有关。新一的真实身份面临巨大危机。
- 《从零开始的我的日常》（2015）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团在夏威夷度假，却遭遇了一系列离奇的案件。黑衣组织成员基尔再次登场，其目的不明。
- 《红白黑的三重奏》（2016）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团参加热气球比赛，期间发生了连环爆炸事件。黑衣组织成员伏特加再次出现，似乎在执行某项任务。
- 《零的日常》（2017）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团在箱根地区进行温泉旅行，却遭遇了一系列事件。黑衣组织成员基尔再次出现，并似乎与黑衣组织内部权力斗争有关。
- 《绯色的子弹》（2017）
- 主线： 警视厅特殊调查小组与FBI联手追捕黑衣组织成员基尔。一场关于狙击手的对决和组织的阴谋在东京展开。
- 《名侦探柯南：世纪末的魔术师》（2018）
- 主线： 基德展开了一场名为“世纪末魔术师”的华丽计划，目标是偷走传说中的三大魔术道具之一。柯南（新一）与基德展开新的对决。
- 《绯红の修学旅行》（2019）
- 主线： 柯南（新一）与少年侦探团前往九州参加修学旅行，却遭遇了一系列事件。黑衣组织成员贝尔摩德再次登场，并似乎与组织内部的“红方”势力有关。
- 《黑铁的鱼影2》（2020）
- 主线： 前作《黑铁的鱼影》的续篇。柯南（新一）与少年侦探团卷入了与黑衣组织相关的国际阴谋和追捕行动。
- 《名侦探柯南：红衣伤员》（2021）
- 主线： 一位身穿红衣的神秘伤员出现在医院，引起了警方的注意。柯南（新一）在调查过程中，遭遇了黑衣组织的袭击，并发现了关于组织内部权力斗争的新线索。
- 《名侦探柯南：黑铁的鱼影3》（2022）
- 主线： 前作《黑铁的鱼影》的续篇。柯南（新一）与少年侦探团继续卷入与黑衣组织相关的国际阴谋和追捕行动。
- 《名侦探柯南：大怪盗基德的百万美元黄金挑战》（2023）
- 主线： 怪盗基德展开了一场史无前例的百万美元黄金盗窃计划。柯南（新一）与基德展开对决，同时黑衣组织的成员也在暗中活动。
总结：
柯南剧场版的主线剧情始终围绕着黑衣组织这一核心展开。故事从最初的变小之谜、组织初现端倪，发展到中期黑衣组织核心成员（琴酒、伏特加、基尔、贝尔摩德等）陆续登场，组织的阴谋不断升级，涉及范围从日本扩展到全球。近年来，随着组织内部“红方”势力的登场，主线剧情变得更加复杂，不仅有与黑衣组织的对抗，也涉及到组织内部的权力斗争和新的阴谋。
除了主线，每一部剧场版通常还会包含一个独立的、与主线关联度不高的推理案件，由柯南（新一）和少年侦探团解决，这也是剧场版广受欢迎的重要原因之一。整体而言，柯南剧场版的主线剧情就是一部持续追踪、对抗黑衣组织，并逐步揭开其神秘面纱的宏大冒险故事。
