《斛珠夫人》的最后两集（第48集和第49集）是整个故事的终局，主要围绕着男女主角云岫和珠珠（小六子）的最终抉择、牺牲以及结局展开。
第48集：抉择与牺牲
- 局势恶化： 珠珠体内的“元凶”毒素发作日益严重，生死垂危。同时，云岫的身份（天界战神）被揭露，面临天界的惩罚，也失去了回到天界的资格。云岫为了救珠珠，不惜散尽自身仙力，甚至不惜被贬下凡间承受轮回之苦。
- 云岫的抉择： 云岫意识到自己救不了珠珠，或者说，即使救了，两人也无法在一起。为了保护珠珠，让她能过上平静的生活，云岫做出了艰难的决定。他选择将珠珠托付给小六子，并给了她离开的仙力，让她能带着“阿父”（云岫）和“阿兄”（小六子）的名字，在人间自由生活，忘记过去的痛苦和身份。
- 最后的告别： 云岫与珠珠进行了最后的告别。这一幕充满了悲伤和不舍，云岫将珠珠托付给小六子后，独自承受着失去挚爱的痛苦，准备接受天界的惩罚，甚至可能坠入轮回。
- 小六子的成长与决心： 小六子在经历了种种磨难后，心智成熟，他理解了云岫的苦心，也决心保护珠珠。他接受了云岫的托付，决定带着珠珠一起离开，开始新的人生。
第49集：尘埃落定与永恒的守护
- 人间生活： 小六子和珠珠带着云岫留下的仙力，离开了原来的地方，隐居在人间。珠珠逐渐忘记了天界的记忆和身份，开始适应普通人的生活，与小六子过着平静的日子。小六子也终于放下了过去的执念，接受了珠珠。
- 云岫的结局： 云岫接受了天界的惩罚，可能被贬下凡间，承受轮回之苦，也可能以另一种形式守护着珠珠。剧集的结尾暗示，云岫并没有完全消失，他可能以某种方式（如梦境、幻象，或者成为守护灵）关注着珠珠和小六子，履行他作为“神”的职责和最后的承诺。
- 主题升华： 结局强调了爱、牺牲、守护的主题。云岫为了珠珠牺牲了自己的一切，珠珠和小六子则在经历了磨难后找到了属于自己的幸福。即使相隔遥远，云岫的守护也从未停止。他们之间的感情超越了生死和界限，成为永恒的传说。
- 开放式结局的意味： 虽然珠珠和小六子在人间开始了新生活，但云岫的去向留有想象空间，这给整个故事带来一丝淡淡的忧伤，同时也留下了“永恒守护”的温暖余味。
最后两集描绘了云岫的牺牲与离去，珠珠和小六子的相守与新生，以及那份跨越生死的爱与守护最终以另一种形式得以延续的故事结局。
