剧情主要分为以下几个部分：
1. 太医院风云：
- 林若薇女扮男装，以“男”身份考入太医院，开始了她的从医之路。
- 她医术高明，心地善良，在太医院中逐渐崭露头角，但也引起了其他太医的嫉妒和排挤。
- 她与同在太医院学习的“少年”祁王朱翊钧相识，两人因共同的理想和抱负而惺惺相惜，逐渐产生情愫。
- 林若薇女扮男装的秘密逐渐被揭穿，她面临着身份暴露和被赶出太医院的危机。
2. 宫廷斗争：
- 林若薇凭借出色的医术，被嘉靖皇帝召入宫中，成为贴身御医。
- 她在后宫中卷入了复杂的宫廷斗争，面临着来自贵妃、宠妃、太监等各方的威胁和陷害。
- 她利用自己的智慧和医术，帮助嘉靖皇帝铲除奸佞，稳定朝局。
- 她与祁王朱翊钧的感情也受到了宫廷斗争的考验，两人面临着皇权、家国的压力。
3. 爱恨情仇：
- 林若薇和祁王朱翊钧之间有着共同的理想和抱负，但他们的身份和立场却让他们无法走到一起。
- 他们相爱却不能相守，在波谲云诡的后宫中，他们经历了无数的误会、猜忌和痛苦。
- 林若薇在爱情和理想之间做出了艰难的选择，她最终选择了为国家和百姓的利益而奋斗。
4. 匡扶正义：
- 林若薇凭借自己的医术和智慧，帮助嘉靖皇帝解决了许多难题，赢得了皇帝的信任和尊重。
- 她积极推行医术改革，提高了百姓的健康水平，为百姓做了许多好事。
- 她最终帮助嘉靖皇帝铲除了奸佞，匡扶了正义，实现了自己的理想。
《女医明妃》是一部集爱情、权谋、历史、医术于一体的古装剧，讲述了林若薇从一个普通的女子成长为一代女医的传奇故事，也展现了明朝嘉靖年间宫廷的斗争和风云变幻。剧中刘亦菲和霍建华的精彩演绎也为这部剧增添了无数的魅力。
