《传送门2》的剧情在游戏本体结束后并没有被“删除”，而是以DLC（下载内容）的形式发布，名为《传送门2：石之刃》（Portal 2: Wheatley's Aftermath）。
这个DLC是官方扩展内容，并非删减或隐藏剧情，而是提供了全新的章节和故事。
以下是《传送门2：石之刃》的剧情介绍：
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开端： 玩家再次扮演GLaDOS，在Coopernicus空间站醒来。然而，艾略特·斯宾塞（Elliot Spencer，即之前DLC《门户先锋》的主角）带着一个石之刃（Stonehenge）装置闯入了空间站。石之刃是一种强大的传送装置，能将物品或生物瞬间传送到极远的距离。
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冲突： GLaDOS认为斯宾塞带来的石之刃是危险的威胁，并试图阻止他。她启动了空间站的防御系统，将斯宾塞困在了反应堆的控制室里，而GLaDOS则被困在了她的数据中心。
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合作： 在危机中，斯宾塞通过语音频道向GLaDOS求救。GLaDOS起初不情愿，但最终为了夺回石之刃并摆脱自己被囚禁的状态，她不得不与斯宾塞达成合作。
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合作解谜： 游戏的核心玩法回归了经典的《传送门2》风格，玩家需要操控Chell（克莱尔）和GLaDOS（或斯宾塞）分别站在传送门的两端，通过精巧的布局解决一系列复杂的物理谜题。两个角色需要相互配合，利用各自的传送枪（Chell使用传送门枪，GLaDOS/斯宾塞使用石之刃）以及空间站的各个机关来前进。
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探索与目标： 合作过程中，玩家会探索空间站的不同区域，包括GLaDOS的“家”（一个装饰成她风格的房间）、反应堆控制室、以及一个充满废弃机械和早期实验装置的区域。他们的主要目标是找到并摧毁石之刃，或者找到某种方法将GLaDOS放出来。
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高潮与结局： 在最终阶段，玩家需要利用石之刃和传送门的组合，进行一次大胆的救援行动。他们成功地将GLaDOS从数据中心救出，并最终将石之刃摧毁（或者将其传送到了太空中）。随着石之刃的消失，空间站开始解体。
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尾声： GLaDOS被救出后，她愤怒地指责斯宾塞闯入并给自己带来麻烦。正当她准备对斯宾塞不客气时，Chell突然出现，用传送门将斯宾塞传送到了安全的地方（或者直接把他传到了某个地方）。GLaDOS看着Chell，表情变得有些复杂，最终什么也没说，转身离开了。游戏结束。
总结来说，《传送门2：石之刃》是一个独立的、可下载的扩展章节，它延续了《传送门2》的主线故事，讲述了GLaDOS和Chell在空间站遭遇艾略特·斯宾塞和他的石之刃后，被迫合作解决危机并最终达成目标的过程。 它不是被删除的剧情，而是官方为喜爱《传送门2》的玩家提供的额外内容。
